5 automatizēta kariotipēšanas programmatūra, lai kartētu jūsu hromosomas

Kariotipizēšana ir visu organismā atrasto hromosomu pasūtīšanas un savienošanas process, lai iegūtu visu cilvēka hromosomu “kartes” visaptverošu skatījumu.

Bet vispirms pārliecinieties, ka mēs saprotam, kādas ir hromosomas. Hromosomas ir struktūras, kas izskatās līdzīgas pavedieniem, kas atrodas katra ķermeņa šūnas kodolā.

Katra hromosomu struktūra satur visu ķermeņa ģenētiskās informācijas plānu. Tas nosaka, kā jūsu ķermenis ir strukturēts, reaģē uz stimuliem, noslieci uz slimībām utt. Sievietēm ir 2 "X" hromosomas, un vīriešiem ir viena "X" un viena "Y" hromosoma. Katrā ķermeņa šūnā ir 23 hromosomu pāri, kopā 46 hromosomas.

Lai pētnieki varētu izprast katra pacienta hromosomu sekvences, viņi izmanto kariotipēšanas programmatūru . Šāda veida programmatūra ir izstrādāta, lai veiktu hromosomu analīzi, un tā novērtē cilvēka hromosomu struktūru un skaitu. To darot, pētnieki un zinātnieki var atklāt novirzes.

Šajā rakstā mēs izpētīsim dažas lieliskas programmatūras iespējas, kas ļauj veikt kariotipēšanas analīzi.

Top 5 automatizētie kariotipēšanas rīki, kas jāizmanto 2019. gadā

ArgusSoft

ArgusSoft ir lieliska programmatūras opcija, kas ļauj automātiski kariotēt cilvēka hromosomas ar joslas pozīciju, un to var izmantot arī dzīvnieku un augu hromosomu tiešsaistē kariotipizēšanai.

Galvenās iezīmes:

G, Q, R krāsošana
Cilvēka hromosomu automatizētā kariotipēšana ar līkumu atpazīšanu
Cūku hromosomu automatizētā kariotipēšana
3 cilvēka hromosomu standarta ideogrammu iebūvētie pamati ar dažādiem skaidrības līmeņiem - 400, 550 un 850 līmeņi
Var pievienot standarta kromosomu ideogrammas citām dzīvnieku un augu sugām
Paraugu sagatavošanas metodes
Metafāzes plākšņu attēlu ievadīšana, izmantojot kameru un skeneri
Pievienojot attēlu ar grafiku
Lietotu un sazināto hromosomu automatizēta sadalīšana
Kromosomu un ideogrammu salīdzinājums

ArgusSoft var izmantot arī, lai apmācītu hromosomu atpazīšanas sistēmu, izmantojot iepriekš sagatavotus preparātus, var pārnest metafāzes plākšņu attēlus un kariogrammas iebūvētajā datu bāzē, var veidot atskaites, koriģēt kariogrammas un saglabāt un drukāt attēlus un analīzes rezultātus.

Jūs varat iegūt apmācību un atbalstu par ArgusSoft lietošanu no viņu oficiālās tīmekļa vietnes. Atbalsta centrā ietilpst apmācības, uzturēšanas un konsultāciju pakalpojumi.

Izmēģiniet ArgusSoft

HiBand ar lietišķo spektrālo attēlu

HiBand ir Applied Spectral Imaging veidota programmatūra, kas var veikt uzlabotas hromosomu analīzes, izmantojot digitālās kariotipēšanas funkcijas. Šī programmatūra

izmanto automatizētas skenēšanas funkcijas, lai padziļināti analizētu hromosomu struktūru.

Varat izmantot HiBand plašās iespējas, lai indeksētu, skaitītu, saglabātu un pārvaldītu rezultātu datus. Varat arī izmantot šo jaudīgo programmatūru, lai skenētu hromosomu secību automātiski.

Rezultātus, kas iegūti, izmantojot atrastos karyotyping līdzekļus, HiBand var saglabāt drošā vietā ar paroli aizsargātiem un šifrētiem slāņiem. Tas ļauj jums mierīgi zaudēt svarīgus secības datus, un tādēļ arī uzlabo jūsu laboratorijas efektivitāti.

Rezultātu sakārtošana tiek veikta ļoti vienkāršā veidā, jums ir nepieciešams meklēt konkrētu hromosomu secību, un visi rezultāti tiek parādīti labi aprīkotā ekrānā, kas piedāvā vieglu piekļuvi modificēšanai, pārskatīšanai un arī tagu pievienošanai jebkuram failus.

Galvenās iezīmes:

Brightfield Karyotyping-G-Band un R-Band
Fluorescences Karyotyping-Q-Band, R-Band un FISH
Spektrālā kariotipēšana
Automātiska hromosomu skaitīšana
Hromosomu indeksācija un klasifikācija
Uzlabota hromosomu atdalīšana un uzlabota attēla uzlabošana
Attēlu galerija - vienā ekrānā var prezentēt visus metafāzes un kariotipus
Var salīdzināt hromosomas - redzēt tās blakus
Abberant Ideogram - varat pievienot hromosomas, šūnas, ideogrammas un anotācijas attēlu ģeneratorā

HiBand izmanto pilnībā automatizētas darbplūsmas, lai palielinātu laboratorijas efektivitāti, ir skenēšanas funkcijas, kas sākas un paliek prom, atrod metafāzes, automātiski lasa svītrkodus, augšupielādē attēlus reālā laikā slaidu skenēšanas laikā, kā arī eksportē uz LIS centrālo portālu un Datu bāze.

Izmēģiniet HiBand

Ikaros ar MetaSystems

Šai kariotipēšanas sistēmai ir ļoti intuitīva lietotāja saskarne, kas piedāvā visas funkcijas vienā ekrānā. Tas ļauj viegli un ātri piekļūt visai iegūtai informācijai.

Ikaros var izmantot kopā ar Neon, kas ir platforma, kas paredzēta, lai palīdzētu attēla datiem un lietu organizēšanai. Neon apkopo datus no visām attēlveidošanas darbiem, ārējiem avotiem un ļauj tos viegli saprast, izmantojot lietas vadības paneļa palīdzību.

Šis rīks ļauj jums vienmēr būt svarīgu informāciju tuvu un glabāt drošā veidā, bet izmanto ļoti spēcīgus datu pārvaldības algoritmus, tam ir jauki dažādi veidi, kā novērot datus un var sniegt konkrētus meklējumus, pamatojoties uz atslēgvārdiem un datu raksturlielumiem.

Apskatiet vairāk informācijas par Neon un tā iespējām šeit .

Ikaros atbalsta daudzas dažādas lentu veidošanas metodes - Brightfield G-Band un R-Band, Fluorescences Q-Band, R-Band un FISH - piedāvā daudzas iepriekš definētas kariogrammas formas cilvēkiem, augiem un dzīvniekiem. Jūs varat viegli rediģēt šīs veidlapas, lai pievienotu jebkādus datus, kas nepieciešami jūsu veikto pētījumu veidam.

Tas, ka jūs varat salīdzināt hromosomas ar klasi vai kariogrammām, sniedz jums ļoti noderīgu informāciju, kas ļauj viegli identificēt atšķirības.

Izmēģiniet Ikaros

Microptic MetaClass

MetaClass ir liela karyotyoping programmatūra, kas ir veidota moduļu veidā. Šī programmatūra palīdz jums veikt kariotipizēšanu un FISH pētījumus par hromosomām.

MetaClass ir veidots no šādiem moduļiem:

MetaClass datu bāze

Datu bāze, ko var uzstādīt ar jebkuru MetaClass moduli. Ļauj saglabāt pacienta datus un ļauj viegli piekļūt rezultātiem. Ar šo moduli varat izveidot pielāgotus pārskatus jebkurā valodā.

MetaClass Karyotyping

Ļauj pētīt kariotipu pēc tam, kad ir uzņemti metafāzes sagatavošanas posma attēli, un sakārtot tos pāriem, pamatojoties uz izmēru, pozīciju utt. Šis modulis sniedz izcilus kvalitātes rezultātus, kad runa ir par hromosomu joslām, un tas var būt arī sniedziet jums profesionālus izskatus.

Galvenās funkcijas ietver:

Kariotipa izpēte tiek analizēta 100x palielinājumā
Var uztvert vairākus metafāzes attēlus
Attēla kvalitāte ir modificējama, lai iegūtu labākus rezultātus
Automātiska hromosomu klasifikācija
4 ekrāna skati - metafāze, kariotips un neklasificēts hromosomu logs
Var attēlot hromosomu prototipus
Kromosomas, kas nav klasificētas, var automātiski vai manuāli izlabot - virsrakstus, atdalīšanu, krustojumus, rotācijas utt.
MTC sesijas failus vai BMP attēlus var saglabāt un ielādēt jebkurā laikā
Var eksportēt atsevišķas hromosomas Metaclass datu bāzē ar iespēju pievienot komentārus un piezīmes

Lūk, Metaclass kariotipēšanas ziņojuma piemērs.

MetaClass FISH

Šis ir analīzes modulis, kas ļauj iegūt fluorescējošā IN SITU hibridizācijas (FISH) attēlu. Šis modulis atspoguļo attēlus, izmantojot fluorescējošās DNS zondes, un ļauj apstiprināt ģenētiskās novirzes - trisomijas, mocrodelections, hromosomu pārkārtojumus utt.

FISH attēli tiek analizēti ar 100x palielinājumu, un, lai iegūtu plašāku attēla skaidrību, var iegūt arī attēlus ar dažādiem filtriem.

Ja jūs vēlaties uzzināt vairāk par iepriekš sniegtajiem moduļiem un citām funkcijām, varat apskatīt MetaClass katalogu.

Ja jūs esat ziņkārīgs veids un vēlaties redzēt pārskatu, kas iegūts, izmantojot FISH metodi

PDF faila paraugs.

Izmēģiniet MetaClass

GenASis Bandview

GenASis Bandview ir vēl viena lieliska karyotyping programmatūra, kas ir veidota no moduļiem ar dažādiem capabitilites. Jūs varat izmantot šo lietotni, lai veiktu kariotipēšanas diagnostiku un iegūtu precīzus testa rezultātus.

Šī programmatūra ļauj jums pilnībā pielāgot darbplūsmu un diagnozes procesu atkarībā no jūsu uzņēmuma vajadzībām un mērķiem, kurus jūs mēģināt sasniegt.

Plašais BandView piedāvāto rīku klāsts ir viegli pieejams tikai ar vienu peles klikšķi un piedāvā spēcīgu G / R / C / Q-Band kariotipēšanas pieredzi. Jūs varat izvēlēties starp automatizētu vai manuālu darbplūsmu, kad runa ir par metafāzēm un uzņemat attēlus.

Hromosomu anomālijas, ja tās konstatētas, var novērot, pievienojot, izdzēšot vai pārkārtojot pacienta ģenētisko materiālu. Ar BandView var izmantot FISH molekulārās tehnikas joslu.

FISH izmanto flourescent zondes, lai pievienotos dažādām hromosomas daļām, ļaujot programmatūrai atklāt un lokalizēt specifiskās DNS sekvencēs atrastos anomāliitus.

Izmēģiniet GenASis Bandview

Secinājums

Šajā rakstā mēs izpētījām dažas no labākajām automatizētajām kariotipēšanas programmām, kas tirgū pastāv 2018. gada beigās.

Šajā rakstā ietvertās kariotipēšanas programmatūras opcijas piedāvā dažādas funkcijas, kas palīdzēs sasniegt jūsu uzņēmuma mērķus.

Izmantojot šāda veida programmatūru, jūs varat paļauties uz tūkstošiem ātru hromosomu struktūru, analizēt ar dažādām profesionālām metodēm un sagatavot augstas kvalitātes ziņojumus, kas ļaus jums viegli noteikt jebkuras novirzes.

Mēs labprāt vēlētos uzzināt, kāds ir jūsu viedoklis par programmatūru, ko mēs šajā top 5 sarakstā. Lūdzu, informējiet mūs, izmantojot tālāk sniegto komentāru sadaļu.

SAISTĪTĀS VADLĪNIJAS, KAS JUMS JĀBŪT PĀRBAUDĪT: